Come già detto in precedenza AC: Origins ha un sistema di gioco quasi del tutto simile a quello di un GDR, mantenendo comunque la sua impronta action. Questo si nota soprattutto nel tipo di sistema di avanzamento per il personaggio: l'Albero delle Abilità, in questo caso.
A mano a mano che si accumuleranno PX si potrà scegliere verso quale abilità andare a potenziale il vostro Bayek.
Sicuramente all'inizio conviene sempre investire in abilità che hanno bisogno di un solo punto abilità per essere attivate, dando la vostra attenzione soprattutto a quelle che permettono l'equipaggiamento dell'arco e della seconda arma.
Alcune delle abilità da acquisire subito durante le prime ore di gioco sono quelle che aumentano l'acquisizione degli PX (come Colpo alla Testa, Assassinio, Uccisione e Combo Ultra).
Altre abilità che possono tornare utili sono: Commercio (Bayek acquisirà una notevole capacità di parlamentare coi commercianti e quindi ottenere sconti o vendere la merce a un prezzo maggiorato), Bottino (è un'abilità specifica del ramo del Cacciatore, ma potenziandola permetterà di ottenere un bottino maggiore depredando i corpi dei nemici uccisi), Furia dell'Arciere (la possibilità di lanciare una raffica di frecce contro il nemico... Indispensabile!), Strumenti (permette di creare una serie di oggetti utili durante i combattimenti, come i dardi avvelenati, le bombe incendiarie o la cortina fumogena).
A parte le abilità sopra citate l'Albero è davvero molto vasto e ben strutturato e durante il gioco permette di creare delle combinazioni davvero interessanti e utili!