Esattamente come nella serie di libri, anche in Hogwarts Mystery gli studenti vengono premiati con dei punti assegnati alla loro Casa di appartenenza, e questi ultimi possono essere ottenuti in vari modi: prima di tutto, andando bene a scuola. Rispondere male alle domande delle lezioni, infatti, ci farà perdere punti. Possiamo, inoltre, ottenere punti completando le missioni disponibili, e seguendo, nei dialoghi, opzioni coerenti con i valori della nostra Casa.