Come sempre nella serie Mortal Kombat, anche nel capitolo numero undici troviamo una serie di modalità di gioco. Oltre alla Story Mode, Trova spazio la Kollezione, oltre ad una modalità Tutorial dove apprendere i comandi principali per muovere, far attaccare e difendere il proprio combattente. Immancabili per questo titolo le Torri, questa volta disponibili sia Klassiche, in puro stile arcade, oppure a tempo. A tal proposito le Skalate sono diventate più ostiche che in passato, dove forse i primi turni erano fin troppo agevoli da superare. Altro ruolo importantissimo ha la Cripta, che forse in passato rivestiva un ruolo fin troppo marginale. Ora è diventata una vera e propria mappa dove muoversi liberamente in terza persona. Ora i collezionatili sono disposti in modo casuale ed in modo talmente vasto che, quasi sicuramente, non riuscirete a prenderli tutti in una volta sola.