Il mazzo Control è l'opposto del mazzo Aggro. Questo vuol dire che, con questa tipologia di mazzo, i giocatori puntano a far durare la partita più a lungo. Inoltre, il mazzo Control esprime il suo massimo potenziale nell'ultima fase del game, piuttosto che nella prima. Per evitare la sconfitta, è importante saper reagire nella maniera più adeguata agli attacchi del nemico. Solo in questo modo, sarà possibile utilizzare dei mostri capaci di dare il colpo di grazia agli avversari. Questa tipologia è dunque basata più sulla difesa che sull'attacco. Inoltre, è specializzata sull'uso delle magie. In definitiva, questo mazzo è perfetto per i giocatori che hanno pazienza (lo scontro si protrarrà per le lunghe) e che riescono a prevedere le mosse e le tattiche dell'avversario e anticiparle, per poi dare il colpo finale nell'ultima parte del gioco. È il mazzo che più di tutti è basato sulla strategia, ma è anche difficoltoso da utilizzare.