Innanzitutto, nel caso in cui non siano state acquistate versioni da tavolo del gioco, occorre prendere carta e penna e disegnare due tabelle con 10 righe e 10 colonne. Affonda la Flotta si basa su due griglie, una con indicata la posizione della propria flotta e una da usare per cercare le navi avversarie. Sulle tabelle bisogna indicare le righe con i numeri da 1 a 10 e le colonne con le lettere da A a H. Fatto ciò, prima di iniziare a giocare, si devono disporre (o disegnare) le navi componenti la propria flotta sulla griglia. In generale si può decidere quante navi e di che lunghezza utilizzare, ma spesso le versioni da tavolo che si possono acquistare forniscono una flotta per giocatore composta da 6 navi. Queste sono chiamate portaerei (lunghezza 5), corazzata (lunghezza 4), due incrociatori (lunghezza 3) e due cacciatorpedinieri (lunghezza 2). Ogni nave della flotta occupa un numero di quadretti (in base alla sua lunghezza) in orizzontale o in verticale sulla tabella.