In Star Trek Expeditions ogni giocatore avrà il controllo di uno dei quattro ufficiali dell'enterprise. Sono Kirk, Spock, Uhura e McCoy. Ogni ufficiale ha un abilità unica rispetto agli altri. Nella fase di preparazione vengono posti accanto al tabellone i tre mazzi. Vengono messi sul pianeta e distribuite nei vari settori delle carte coperte e dei token scoperti. Le prime rappresentano ulteriori eventi chiave da fronteggiare e risolvere. I secondi sono bonus o modificatori. Ogni giocatore dovra cercare di risolvere i vari problemi. Ciascuno problema risolto darà punti. Maggiore saranno i punti, più vicina è la soluzione. Questi punti permettono allo stesso tempo di proteggere e riparare l'Enterprise in orbita dalla nave Klingon.