Costruire un deck efficace ed equilibrato è essenziale per ottenere la vittoria. Ogni deck avrà un Leader di fazione, ed ogni carta unità farà parte della fazione del Leader o della fazione Neutrale. Le fazioni attualmente presenti nel gioco sono Mostri, Nilfgaard, Regni Settentrionali, Scoia'tael e Skellige, ma ne sono previste altre per il futuro. Una volta scelta una fazione ed un Leader, bisogna selezionare un minimo di 25 carte fino ad un massimo di 40, sempre appartenenti alla fazione scelta o a quella Neutrale; è importante mantenere un numero di carte quanto più basso possibile in modo da ottimizzare le chance di prendere le carte migliori, mentre avere un grande quantitativo di carte torna utile in situazioni specifiche, come nel caso della fazione Mostri o di un mazzo basato sulle carte spia. Nel gioco originale ed in quello fisico, le carte sono suddivise in standard e gold: le standard possono presentare tre copie massime nel mazzo, mentre le gold non possono avere duplicati all'interno del mazzo e sono immuni a quasi tutti gli effetti e le magie. Nel gioco standalone c'è una suddivisione maggiore, ovvero bronze, silver e gold: le bronze sono equivalenti alle standard, le silver sono più forti e rare e se ne possono avere un massimo di sei in un mazzo, una copia ciascuna, mentre per le gold vale la stessa regola delle silver ma con un limite di quattro a deck, e sono anche in questo caso immuni alla maggior parte delle magie e degli effetti di altre carte o Leader.